アドレスの件数をインプットフィールドに表記する。
$("#num").val(count);
と、val() を使う。
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<HTML>
<HEAD> 
<META http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<TITLE></TITLE>
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.6.4/jquery.min.js
"></script>
<script type="text/javascript"><!--
$(function(){
    $("#message").keyup(function(){
    var txt = $(this).val();
        $("#ct").val(
            txt.replace(/[^@]/g,'')
        );
    var count = $("#ct").val().length;
        $("#num").val(count);
    });
});
// --></script>
</HEAD>
<BODY>
<br><br>
Eメール数をチェック
<br><br>
アドレス数: 
<input type="text" size="8" maxlength="" name="" value="" id="num">件
<br><br>
Eメール: 
<input type="text" size="80" maxlength="" name="" value="" id="message">
<br><br>
<input type="hidden" id="ct">
</div>
<br><br>
</BODY>
</HTML>